Сюжет

Молодой человек по имени Томас Андерсон ведёт двойную жизнь. С одной стороны, он программист в крупной компании, с другой — хакер Нео. Однажды на его персональный компьютер приходит странное сообщение: «Ты увяз в Матрице» (букв. «Ты принадлежишь Матрице», англ. The Matrix has you). Неизвестный даёт ему указание «следовать за белым кроликом». Нео встречает девушку с татуировкой в виде белого кролика. Следуя за ней, он приходит в ночной клуб. Там он знакомится с девушкой-хакером по имени Тринити (Троица), которая обещает раскрыть Томасу тайну Матрицы. Для этого Нео должен встретиться с тем, кого давно ищет, — Морфеусом (Морфеем), которого власти считают опаснейшим террористом. У Нео не остается времени для колебаний, потому что его компьютерными преступлениями уже заинтересовалось ФБР. Морфеус предлагает молодому человеку увидеть Матрицу собственными глазами и предлагает на выбор две таблетки — синюю, проглотив которую Нео забудет всё, что с ним происходило, и красную, которая позволит Нео понять, что такое Матрица. Нео выбирает красную таблетку.

Томас попадает в жуткий разрушенный мир, который оказывается настоящим реальным миром. Он узнаёт, что привычный ему мир оказывается иллюзией, порождённой искусственным интеллектом суперкомпьютера, чтобы держать людей в подчинении. Планета погружена в вечный сумрак, города лежат в руинах. Люди порабощены всесильными Машинами, чтобы производить им энергию, необходимую для выживания. Те немногие, что смогли сохранить сознание, прячутся в катакомбах и ведут партизанскую борьбу против Машин, научившись входить в Матрицу. Последним оплотом свободных людей является подземный город Зион («Сион»), из которого предпринимаются отчаянные вылазки на летающих кораблях в мир Матрицы для спасения подключённых к ней людей. Один из таких кораблей носит название «Навуходоносор», и его капитаном является Морфеус. Он верит, что Нео — Избранный, который сможет спасти человечество от власти машин. Однако в экипаже «Навуходоносора» появился предатель Сайфер («Шифр»), готовый променять своих друзей и свободу разума на сладкий обман Системы. Сайфер сдаёт своих бывших друзей Агентам — программам Матрицы, которые жаждут получить коды доступа к Зиону. Морфеус попадает в плен к Агентам. Нео и Тринити ценой сверхчеловеческих усилий спасают своего капитана, но Нео приходится бежать от Агентов, преследующих его. Нео не успевает выйти из Матрицы, и Смит убивает его. Однако Нео оживает благодаря поцелую Тринити, ощущая в себе невероятную силу. Он с лёгкостью убивает Смита, разрушив его программный код.

В конце фильма Нео звонит по телефону, он обещает, что покажет людям, запертым в Матрице, что «возможно всё». Он кладёт трубку и улетает в небеса.